İlk yedek takım SSV Markranstädt'ın ikinci takımından oluşturulmuştur. İlk sezonu 2009-10 sezonunda Bezirksliga Leipzig'...de oynadı. Takım sezonu birinci sırada tamamladı ve 2010-11 Sachsenliga'ya yükselmeyi başardı. SSV Markranstädt ile yapılan anlaşmanın bir parçası olarak, takım 2009-10 sezonundan sonra SSV Markranstädt'a geri döndü ve 2010-11 Sachsenliga'da yeni birinci takımları olarak oynadı.
RB Leipzig, yedek takımını değiştirmek ve yedek takımıyla Alman futbol ligi sisteminin en altından başlamak zorunda kalmamak için kuzeybatı Saksonya'daki Delitzsch'ten ESV Delitzsch ile ortaklık kurdu. RB Leipzig, ESV Delitzsch'in as takımını yeni yedek takımı olarak kabul etti ve Berzirksliga Leipzig'de oynama hakkını satın aldı.[1] Takım yine ligi birinci sırada bitirdi ve SSV Markranstädt'ın as takımıyla karşılaşmak üzere 2011-12 Sachsenliga'ya yükseldi.
Haziran 2011'de FC Sachsen Leipzig'in iflasının yaklaşmasıyla birlikte RB Leipzig, yedek takımı için Oberliga'da oynama hakkını satın almayı düşündü, ancak daha sonra teklifini geri çekti. Satın almanın şartlarından biri takımdaki oyuncuların en az yüzde 51'inin yeni kulübe entegre olmasıydı ancak RB Leipzig bunun yerine kendi rezerv takımını geliştirmeyi tercih etti[2][3].
Tino Vogel 2011-12 sezonu için baş antrenör olarak atandı. Takıma profesyonel takımdan ayrılan kıdemli defans oyuncusu Ingo Hertzsch katıldı. Yedek takım Sachsenliga'da dördüncü oldu. Ligi, Oberliga'da oynama hakkını yeniden elde eden SSV Markranstädt kazandı.[4] Takım 2012-13 Sachsenliga sezonunu üçüncü sırada tamamladı. Takım 2013-14 Sachsenliga'da birinci oldu ve NOFV-Oberliga Süd'e yükselme hakkı kazandı. Forvet Tom Nattermann sezon boyunca 32 gol atarak 2013-14 Sachsenliga'yı açık ara farkla ligin en golcü oyuncusu olarak tamamladı.[5][6]
2014-15 sezonunda SSV Markranstädt ve 1. FC Lokomotive Leipzig gibi rakipler vardı,[7] ancak yedek takım Oberliga'ya başarılı bir şekilde adapte oldu ve hakimiyet kurdu. Takım 2014-15 NOFV-Oberliga Süd'ü birinci sırada tamamladı ve Regionalliga Nordost'a yükselmeye hak kazandı. Nattermann 26 gol attı ve sadece FC Oberlausitz Neugersdorf'tan Jan Nezmar tarafından geçildi[8].
2015-16 sezonundan önce, FC Erzgebirge Aue'ye giden Nattermann da dahil olmak üzere bir önceki sezonun oyuncularının neredeyse yarısı takımdan ayrıldı.[8] Yeni oyuncuların neredeyse tamamı, A genç takımdan altı oyuncu da dahil olmak üzere kulübün kendi saflarından geldi.[9][10] Rezerv takım Regionalliga'daki ilk sezonunu 11. sırada tamamladı.
Görevdeki B-junior antrenörü Robert Klauß, 2016-17 sezonu için Vogel'in yerine baş antrenör olarak atandı.[11][12] Vogel kulüpteki kariyerine orta Almanya'da scout olarak devam ederken, eski yardımcı antrenörü Olaf Holetschek de genç futbolunda scout olarak devam etti.[13] Takım, A-junior takımından daha fazla oyuncunun yanı sıra Bayern Münih A-junior takımından 19 yaşındaki yetenek Dominik Martinović ile güçlendirildi.[14] Yedek takım, 2016-17 sezonu öncesinde Regionalliga'daki en genç takımdı. Yaş ortalaması Haziran 2016'da 19 yıl 5 aydı.[15]
RB Leipzig 2016-17 sezonunun ardından U23 takımını dağıtırken U19 ve U17 takımlarını korudu