2012-13 sezonunda Pasching yeniden tablonun diğer ucundaydı. Takım sonbahar şampiyonluğunu kazandı ve kış tatiline LASK ...Linz'in dört puan önünde girdi. Ancak bu avantaj ilkbaharda kaybedildi ve Pasching sezonu Linz'in iki puan gerisinde ikinci sırada tamamladı.
2012-13 Avusturya Kupası'nda Pasching, turnuva tarihinin en büyük sansasyonunu gerçekleştirdi. Austria Salzburg, Austria Lustenau ve Austria Klagenfurt'un ilk üç turda elenmesinin ardından Avusturya futbolunun elitleri son üç turda bölgesel lig takımını bekledi. Çeyrek finalde Pasching, Rapid Wien'i deplasmanda 1-0 mağlup etti. Yarı finalde ise işbirliği ortağı Red Bull Salzburg ile deplasmanda karşılaştı ve 0-1'lik farkı 2-1'lik galibiyete çevirerek 94 yıllık tarihinde ÖFB Kupası'nda finale yükselen ilk üçüncü lig takımı oldu.[1] Viyana'daki Ernst-Happel-Stadion'da oynanan finaldeki rakip Austria Wien'di. Daniel Sobkova ilk yarıdan kısa bir süre sonra attığı golle Pasching'i 1-0 öne geçirdi ve bu skoru koruyarak finali kazandılar. Böylece FC Pasching, 2012-13 Bundesliga sezonunun şampiyonunu, ikincisini ve üçüncüsünü ev sahibi avantajına sahip olmadan mağlup etmiş oldu. Kupa zaferi, Yukarı Avusturyalıların 2013-14 UEFA Avrupa Ligi play-off turuna katılmaya hak kazanmasını sağladı ve burada Portekiz kulübü Estoril Praia ile karşılaştılar ve iki yenilgiyle kaybettiler.