FC Ingolstadt 04, 2004 yılında ESV Ingolstadt ve MTV Ingolstadt'ın birleşerek tek bir kulüp haline gelmesiyle kurulmuştu...r. FC Ingolstadt ilk sezonunda Bayernliga'da (o zamanki 4. lig) oynadı ve SpVgg Bayreuth'un arkasında 2. bitirerek yükselmeyi bir puanla kaçırdı.