Tal como na época passada, o Werder II voltou a evitar por pouco a despromoção na última jornada, vencendo mais uma vez ...o VFR Aalen. Com isso, o Werder II ultrapassou o SC Paderborn na tabela, terminando um ponto à frente e garantindo o 17º lugar.
No entanto, no verão seguinte, o 1860 München, que tinha sido despromovido da 2. Bundesliga, teve problemas financeiros e não conseguiu um lugar na 3. Liga 2017/18. Isto significou que o SC Paderborn conseguiu manter o seu lugar na 3.ª Liga e não foi despromovido.