O FC Ingolstadt 04 foi fundado em 2004, quando o ESV Ingolstadt e o MTV Ingolstadt se fundiram para formar um único club...e. Na sua época de estreia, o FC Ingolstadt jogou na Bayernliga (4ª divisão na altura) e falhou a promoção por um ponto, terminando em 2º lugar, atrás do SpVgg Bayreuth.