Net als vorig seizoen wist Werder II op de laatste speeldag ternauwernood degradatie te voorkomen door opnieuw te winnen... van VFR Aalen. Werder II passeerde daardoor SC Paderborn op de ranglijst, eindigde één punt voor hen en verzekerde zich van de 17e plaats.
Later die zomer kwam 1860 München, dat was gedegradeerd uit de 2. Bundesliga, echter in financiële problemen en kreeg geen plek in de 3. Liga 2017/18. Liga. Dit betekende dat SC Paderborn hun plek in de 3. Liga zou behouden en niet zou degraderen.