Het eerste reserveteam werd gevormd uit het tweede team van SSV Markranstädt. Het eerste seizoen was 2009-10 in de Bezir...ksliga Leipzig. Het team eindigde op de eerste plaats en won promotie naar de Sachsenliga 2010-11. Als onderdeel van de deal met SSV Markranstädt keerde de ploeg na het seizoen 2009-10 terug naar SSV Markranstädt en speelde de 2010-11 Sachsenliga als hun nieuwe eerste team.
Om het reserveteam te vervangen en te voorkomen dat het met een reserveteam uit de onderste regionen van de Duitse voetbalcompetitie moest beginnen, ging RB Leipzig een samenwerking aan met ESV Delitzsch uit Delitzsch in Noordwest-Saksen. RB Leipzig adopteerde het eerste team van ESV Delitzsch als zijn nieuwe reserveteam en kocht zijn speelrecht voor Berzirksliga Leipzig.[1] Het team eindigde opnieuw op de eerste plaats en won promotie naar de Sachsenliga 2011-12, om het op te nemen tegen het eerste team van SSV Markranstädt.
Met het dreigende faillissement van FC Sachsen Leipzig, dat in juni 2011 failliet ging, overwoog RB Leipzig om het speelrecht voor de Oberliga te kopen voor zijn reserveteam, maar later trok het zijn bod in. Een voorwaarde voor de overname was dat ten minste 51 procent van de spelers in het team moest worden geïntegreerd in de nieuwe club, maar RB Leipzig koos er in plaats daarvan voor om een eigen reserveteam te ontwikkelen.[2][3]
Tino Vogel werd aangesteld als hoofdtrainer voor het seizoen 2011-12. Het team werd versterkt met senior verdediger Ingo Hertzsch, die het professionele team had verlaten. Het reserveteam werd vierde in de Sachsenliga. De competitie werd gewonnen door SSV Markranstädt, dat weer speelgerechtigd was voor de Oberliga.[4] De ploeg eindigde het seizoen 2012-13 Sachsenliga op de derde plaats. De ploeg werd eerste in 2013-14 Sachsenliga en won promotie naar NOFV-Oberliga Süd. Voorwaartsen Tom Nattermann scoorde 32 doelpunten tijdens het seizoen en eindigde de 2013-14 Sachsenliga als de topscorer van de competitie met een ruime marge.[5][6]
Het seizoen 2014-15 kende tegenstanders als SSV Markranstädt en 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] maar het reserveteam paste zich met succes aan de Oberliga aan en kwam tot dominantie. Het team eindigde de NOFV-Oberliga Süd 2014-15 op de eerste plaats en won promotie naar de Regionalliga Nordost. Nattermann scoorde 26 doelpunten, alleen verslagen door Jan Nezmar van FC Oberlausitz Neugersdorf.[8]
Voor het seizoen 2015-16 verliet bijna de helft van de spelers van het vorige seizoen het team, waaronder Nattermann, die naar FC Erzgebirge Aue vertrok.[8] De nieuwe spelers kwamen bijna allemaal uit de eigen gelederen van de club, waaronder zes spelers uit het A-juniorenteam.[9][10] Het reserveteam eindigde zijn eerste seizoen in de Regionalliga op de 11e plaats.
De huidige B-juniorentrainer Robert Klauß werd aangesteld als hoofdtrainer voor het seizoen 2016-17, ter vervanging van Vogel.[11][12] Vogel zette zijn carrière bij de club voort als scout in Midden-Duitsland, terwijl zijn voormalige assistent-trainer Olaf Holetschek verder ging als scout in het jeugdvoetbal.[13] Het team werd versterkt met meer spelers uit het A-juniorenteam, evenals het 19-jarige talent Dominik Martinović uit het Bayern München A-juniorenteam.[14] Het reserveteam was het jongste in de Regionalliga voor het seizoen 2016-17. De gemiddelde leeftijd was 19 jaar. De gemiddelde leeftijd stond in juni 2016 op 19 jaar en 5 maanden.[15]
RB Leipzig ontmantelde het U23-team na het seizoen 2016-17, maar behield de U19- en U17-selecties.