In het seizoen 2012-13 was Pasching terug aan de andere kant van de tafel. De ploeg won het herfstkampioenschap en ging ...de winterstop in met vier punten voorsprong op LASK Linz. Deze voorsprong ging echter verloren in het voorjaar en Pasching eindigde het seizoen twee punten achter Linz op de tweede plaats.
In de Oostenrijkse beker van 2012-13 zorgde Pasching voor de grootste sensatie in de geschiedenis van de competitie. Nadat Austria Salzburg, Austria Lustenau en Austria Klagenfurt in de eerste drie ronden waren uitgeschakeld, wachtte de elite van het Oostenrijkse voetbal in de laatste drie ronden op het team uit de regionale competitie. In de kwartfinale versloeg Pasching thuis Rapid Wien met 1-0. In de halve finale stonden ze thuis tegenover samenwerkingspartner Red Bull Salzburg en bogen ze een 0-1 achterstand om in een 2-1 overwinning, waardoor ze het eerste team uit de derde divisie werden dat de finale van de ÖFB Cup bereikte in de 94-jarige geschiedenis ervan.[1] De tegenstander in de finale in het Ernst-Happel-Stadion in Wenen was Austria Wien. Daniel Sobkova scoorde kort na rust en zette Pasching op een 1-0 voorsprong, die ze verdedigden om de finale te winnen. Zo versloeg FC Pasching de kampioen, de runner-up en het derde team in de Bundesliga seizoen 2012-13, zonder ooit zelf het thuisvoordeel te hebben gehad. Door de bekeroverwinning kwalificeerden de Opper-Oostenrijkers zich voor de play-offronde van de UEFA Europa League 2013-14, waar ze de Portugese club Estoril Praia ontmoetten en met twee nederlagen verloren.