Nella stagione 2012-13, il Pasching è tornato all'altra estremità della classifica. La squadra ha vinto il campionato au...tunnale ed è arrivata alla pausa invernale con quattro punti di vantaggio sul LASK Linz. Tuttavia, questo vantaggio è stato perso in primavera e il Pasching ha concluso la stagione a due punti dal Linz, al secondo posto.
Nella Coppa d'Austria 2012-13, il Pasching ha ottenuto il più grande successo nella storia della competizione. Dopo che l'Austria Salisburgo, l'Austria Lustenau e l'Austria Klagenfurt sono state eliminate nei primi tre turni, l'élite del calcio austriaco ha atteso la squadra del campionato regionale negli ultimi tre turni. Nei quarti di finale, il Pasching ha battuto il Rapid Wien per 1-0 fuori casa. In semifinale, ha affrontato il partner di cooperazione Red Bull Salzburg fuori casa e ha trasformato un deficit di 0-1 in una vittoria per 2-1, diventando la prima squadra della terza divisione a raggiungere la finale della ÖFB Cup nei suoi 94 anni di storia.[1] L'avversario della finale all'Ernst-Happel-Stadion di Vienna è stato l'Austria Wien. Daniel Sobkova ha segnato poco dopo l'intervallo dando al Pasching un vantaggio di 1-0, che ha difeso per vincere la finale. In questo modo, l'FC Pasching ha sconfitto il campione, il secondo classificato e la terza squadra della Bundesliga nella stagione 2012-13, senza aver mai avuto il vantaggio di giocare in casa. La vittoria in Coppa ha permesso agli alto-austriaci di qualificarsi per il turno di play-off della UEFA Europa League 2013-14, dove hanno incontrato il club portoghese Estoril Praia, perdendo con due sconfitte.