L'FC Ingolstadt 04 è stato fondato nel 2004, quando ESV Ingolstadt e MTV Ingolstadt si sono fusi per formare un unico cl...ub. Nella stagione inaugurale, l'FC Ingolstadt ha giocato nella Bayernliga (all'epoca quarta divisione) e ha mancato la promozione per un solo punto, arrivando secondo dietro lo SpVgg Bayreuth.