O FC Magdeburg foi fundado em 22 de dezembro de 1965.
O FC Magdeburg conheceu períodos de sucesso, incluindo a conquista da DDR-Oberliga (primeira divisão da Alemanha de Leste) várias vezes e a...participação em competições europeias.
A camisola do FC Magdeburg apresenta tradicionalmente as cores primárias da equipa, que são o azul e o branco.