Pada musim 2012-13, Pasching kembali ke puncak klasemen. Tim ini memenangkan kejuaraan musim gugur dan memasuki jeda mus...im dingin dengan keunggulan empat poin dari LASK Linz. Namun, keunggulan ini hilang di musim semi dan Pasching mengakhiri musim dengan dua poin di belakang Linz di posisi kedua.
Pada Piala Austria 2012-13, Pasching meraih sensasi terbesar dalam sejarah kompetisi. Setelah Austria Salzburg, Austria Lustenau dan Austria Klagenfurt tersingkir di tiga putaran pertama, tim elit sepak bola Austria menunggu tim liga regional di tiga putaran terakhir. Di babak perempat final, Pasching mengalahkan Rapid Wien 1-0 di laga tandang. Di semi-final, mereka menghadapi mitra kerja sama Red Bull Salzburg di laga tandang dan membalikkan ketertinggalan 0-1 menjadi kemenangan 2-1, menjadi tim pertama dari divisi ketiga yang mencapai final Piala ÖFB dalam 94 tahun sejarahnya.[1] Lawan di final yang berlangsung di Ernst-Happel-Stadion, Wina, adalah Austria Wien. Daniel Sobkova mencetak gol tak lama setelah turun minum untuk membawa Pasching unggul 1-0, yang mereka pertahankan untuk memenangkan final. Dengan demikian, FC Pasching mengalahkan sang juara, runner-up dan tim ketiga di Bundesliga musim 2012-13, tanpa pernah mendapatkan keuntungan sebagai tuan rumah. Kemenangan di Piala Austria membuat tim asal Austria Hulu ini lolos ke babak play-off Liga Eropa UEFA 2013-14, di mana mereka bertemu dengan klub asal Portugal, Estoril Praia, dan kalah dengan dua kali kekalahan.