FC Ingolstadt 04 didirikan pada tahun 2004 ketika ESV Ingolstadt dan MTV Ingolstadt bergabung untuk membentuk satu klub.... Pada musim perdana mereka, FC Ingolstadt bermain di Bayernliga (divisi 4 pada saat itu) dan gagal promosi dengan selisih satu poin, berada di posisi ke-2 di belakang SpVgg Bayreuth.