Seragam ketiga dikenakan pada musim 2006 First Division, sebuah musim di mana meskipun memenangkan play off promosi, Dun...dalk secara kontroversial ditolak untuk promosi karena setelah memenangkan play off mereka dinilai gagal memenuhi kriteria Independent Assessment Group dan mereka tidak akan dipromosikan ke Divisi Utama, dengan posisi ketiga Galway United akan dipromosikan sebagai gantinya. Keputusan tersebut terbukti kontroversial dan pada tanggal 13 Desember, Mark Kavanagh, seorang penggemar Dundalk yang memprotes keputusan tersebut memasuki markas besar FAI di Merrion Square dan diduga mengancam akan membakar dirinya sendiri setelah menyiramkan bensin ke kepalanya dan perabot di kantor dan area resepsionis, namun ia membatalkan protes tersebut setelah mendapatkan pertemuan dengan manajer Dundalk, John Gill. Dundalk akhirnya menerima keputusan FAI dan tetap berada di Divisi Pertama.