Repris de la saison précédente, le kit domicile a été porté lors de l'édition 2006 de la League If Ireland Premier Divis...ion, au cours de laquelle Shelbourne a remporté le titre de champion. Le club a été rétrogradé en première division pour la saison suivante en raison de difficultés financières et s'est vu retirer sa licence de première division. Le club a participé à la Coupe Intertoto 2006, battant les Lituaniens du FK Vetra avant de s'incliner face aux Danois d'Odense. La tenue domicile était accompagnée d'un short blanc et de chaussettes rouges.