Lors de la saison 2012-2013, Pasching est revenu à l'autre bout du tableau. L'équipe a remporté le championnat d'automne... et a abordé la trêve hivernale avec quatre points d'avance sur le LASK Linz. Cependant, cet avantage a été perdu au printemps et Pasching a terminé la saison à deux points de Linz, à la deuxième place.
Lors de la Coupe d'Autriche 2012-2013, Pasching a réalisé la plus grande sensation de l'histoire de la compétition. Après l'élimination de l'Austria Salzburg, de l'Austria Lustenau et de l'Austria Klagenfurt lors des trois premiers tours, l'élite du football autrichien a attendu l'équipe de la ligue régionale lors des trois derniers tours. En quart de finale, Pasching a battu le Rapid Wien 1-0 à l'extérieur. En demi-finale, ils ont affronté leur partenaire Red Bull Salzburg à l'extérieur et ont transformé un déficit de 0-1 en une victoire 2-1, devenant ainsi la première équipe de troisième division à atteindre la finale de la Coupe ÖFB en 94 ans d'histoire[1]. L'adversaire en finale au Ernst-Happel-Stadion de Vienne était l'Austria Wien. Daniel Sobkova a marqué peu après la mi-temps, donnant à Pasching une avance de 1-0, qu'ils ont défendue pour remporter la finale. Ainsi, le FC Pasching a battu le champion, le vice-champion et la troisième équipe de la saison 2012-2013 de la Bundesliga, sans jamais avoir eu l'avantage du terrain pour eux-mêmes. La victoire en Coupe a permis aux Haut-Autrichiens de se qualifier pour le tour de barrage de l'UEFA Europa League 2013-14, où ils ont rencontré le club portugais Estoril Praia et se sont inclinés par deux fois.