Le FC Ingolstadt 04 a été fondé en 2004 lorsque l'ESV Ingolstadt et le MTV Ingolstadt ont fusionné pour former un seul c...lub. Lors de sa saison inaugurale, le FC Ingolstadt a joué dans la Bayernliga (4e division à l'époque) et a manqué la promotion d'un point, terminant 2e derrière le SpVgg Bayreuth.