Al igual que en la temporada pasada, el Werder II volvió a evitar por los pelos el descenso en la última jornada, ganand...o de nuevo al VFR Aalen. De este modo, el Werder II superó en la tabla al SC Paderborn, al que aventajó en un punto y aseguró la 17ª plaza.
Sin embargo, ese mismo verano, el 1860 München, que había descendido de la 2.Bundesliga, tuvo problemas financieros y no obtuvo plaza en la 3.Bundesliga 2017/18. Liga 2017/18. Esto significaba que el SC Paderborn mantendría su plaza en la 3.Liga y no descendería.