En 2006, el Shelbourne se proclamó campeón de la Premier Division de la League If Ireland. Sin embargo, la temporada sig...uiente el club descendió a la Primera División debido a dificultades financieras y se le revocó la licencia de la Premier. En 2006 compitió en la Copa Intertoto, en la que derrotó al FK Vetra lituano y cayó ante el Odense danés. La equipación visitante iba acompañada de pantalones cortos azul marino y medias azul cielo.