En la temporada 2012-13, el Pasching volvió al otro extremo de la tabla. El equipo ganó el campeonato de otoño y se fue ...al parón invernal con cuatro puntos de ventaja sobre el LASK Linz. Sin embargo, esta ventaja se perdió en primavera y el Pasching terminó la temporada a dos puntos del Linz, en segunda posición.
En la Copa de Austria 2012-13, el Pasching logró la mayor sensación de la historia de la competición. Tras la eliminación del Austria Salzburgo, el Austria Lustenau y el Austria Klagenfurt en las tres primeras rondas, la élite del fútbol austriaco esperaba al equipo de la liga regional en las tres últimas rondas. En cuartos de final, el Pasching se impuso a domicilio al Rapid de Viena (1-0). En semifinales, se enfrentó a domicilio al Red Bull Salzburgo, socio de cooperación, y convirtió una desventaja de 0-1 en una victoria por 2-1, convirtiéndose en el primer equipo de la tercera división que alcanza la final de la Copa ÖFB en sus 94 años de historia[1]. El rival en la final, disputada en el Ernst-Happel-Stadion de Viena, fue el Austria Wien. Daniel Sobkova marcó poco después del descanso, dando al Pasching una ventaja de 1-0, que defendió para ganar la final. De este modo, el FC Pasching derrotó al campeón, al subcampeón y al tercer equipo de la Bundesliga en la temporada 2012-13, sin haber tenido nunca para sí la ventaja de jugar en casa. La victoria en la Copa permitió a los alto-austriacos clasificarse para la ronda de play-off de la UEFA Europa League 2013-14, donde se enfrentaron al club portugués Estoril Praia y cayeron derrotados por dos goles a cero.