El FC Ingolstadt 04 se fundó en 2004, cuando el ESV Ingolstadt y el MTV Ingolstadt se fusionaron para formar un solo clu...b. En su temporada inaugural, el FC Ingolstadt jugó en la Bayernliga (4ª división en aquel momento) y perdió la promoción por un punto, terminando 2º por detrás del SpVgg Bayreuth.