Η πρώτη εφεδρική ομάδα σχηματίστηκε από τη δεύτερη ομάδα της SSV Markranstädt. Η πρώτη της σεζόν ήταν το 2009-10 στην Be...zirksliga της Λειψίας. Η ομάδα τερμάτισε στην πρώτη θέση και κέρδισε την άνοδο στην Sachsenliga 2010-11. Στο πλαίσιο της συμφωνίας με την SSV Markranstädt, η ομάδα επέστρεψε στην SSV Markranstädt μετά τη σεζόν 2009-10 και έπαιξε στη Sachsenliga 2010-11 ως νέα πρώτη ομάδα.
Προκειμένου να αντικαταστήσει την εφεδρική ομάδα και να αποφύγει να ξεκινήσει με την εφεδρική της ομάδα από τον πάτο του συστήματος του γερμανικού πρωταθλήματος ποδοσφαίρου, η RB Λειψία συνεργάστηκε με την ESV Delitzsch από το Delitzsch της βορειοδυτικής Σαξονίας. Η RB Λειψίας υιοθέτησε την πρώτη ομάδα της ESV Delitzsch ως τη νέα της εφεδρική ομάδα και αγόρασε το δικαίωμα συμμετοχής της στην Berzirksliga Leipzig[1] Η ομάδα τερμάτισε και πάλι στην πρώτη θέση και κέρδισε την άνοδο στη Sachsenliga 2011-12, για να αντιμετωπίσει την πρώτη ομάδα της SSV Markranstädt.
Με την επικείμενη πτώχευση της FC Sachsen Leipzig, η οποία αναδιπλώθηκε τον Ιούνιο του 2011, η RB Leipzig εξέτασε το ενδεχόμενο να αγοράσει το δικαίωμα συμμετοχής της στην Oberliga για την εφεδρική της ομάδα, αλλά αργότερα απέσυρε την προσφορά της. Ένας όρος για την αγορά ήταν ότι τουλάχιστον το 51% των παικτών της ομάδας έπρεπε να ενσωματωθούν στο νέο σύλλογο, αλλά η RB Λειψία επέλεξε αντ' αυτού να αναπτύξει τη δική της εφεδρική ομάδα[2][3].
Ο Τίνο Βόγκελ διορίστηκε προπονητής για την περίοδο 2011-12. Στην ομάδα εντάχθηκε ο αρχηγός της άμυνας Ingo Hertzsch, ο οποίος είχε αποχωρήσει από την επαγγελματική ομάδα. Η εφεδρική ομάδα κατέλαβε την τέταρτη θέση στην Sachsenliga. Το πρωτάθλημα κατέκτησε η SSV Markranstädt, η οποία ανακατέκτησε δικαίωμα συμμετοχής στην Oberliga[4].[5] Η ομάδα ολοκλήρωσε την περίοδο 2012-13 στη Sachsenliga στην τρίτη θέση. Η ομάδα ήρθε πρώτη στη Sachsenliga 2013-14 και κέρδισε την άνοδο στη NOFV-Oberliga Süd. Ο επιθετικός Τομ Νάτερμαν σημείωσε 32 γκολ κατά τη διάρκεια της σεζόν, τερματίζοντας τη Sachsenliga 2013-14 ως πρώτος σκόρερ της κατηγορίας με μεγάλη διαφορά[5][6].
Η σεζόν 2014-15 περιελάμβανε αντιπάλους όπως η SSV Markranstädt και η 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] αλλά η εφεδρική ομάδα προσαρμόστηκε με επιτυχία στην Oberliga και έφτασε να κυριαρχεί. Η ομάδα τερμάτισε στην πρώτη θέση της NOFV-Oberliga Süd 2014-15 και κέρδισε την άνοδο στην Regionalliga Nordost. Ο Nattermann σημείωσε 26 γκολ, τα οποία ξεπέρασε μόνο ο Jan Nezmar από την FC Oberlausitz Neugersdorf[8].
Πριν από τη σεζόν 2015-16, σχεδόν οι μισοί από τους παίκτες της προηγούμενης σεζόν αποχώρησαν από την ομάδα, συμπεριλαμβανομένου του Nattermann, ο οποίος έφυγε για την FC Erzgebirge Aue.[8] Οι νέοι παίκτες προέρχονταν σχεδόν όλοι από τις τάξεις του συλλόγου, συμπεριλαμβανομένων έξι παικτών από την ομάδα Α-τζούνιορ.[9][10] Η ομάδα των εφεδρικών τερμάτισε την πρώτη της σεζόν στην Regionalliga στην 11η θέση.
Ο απερχόμενος προπονητής των Β-τζούνιορ Ρόμπερτ Κλάους διορίστηκε προπονητής για την περίοδο 2016-17, αντικαθιστώντας τον Βόγκελ.[11][12] Ο Βόγκελ συνέχισε την καριέρα του στον σύλλογο ως σκάουτερ στην κεντρική Γερμανία, ενώ ο πρώην βοηθός του προπονητή Όλαφ Χόλετσεκ συνέχισε ως σκάουτερ στο ποδόσφαιρο των νέων.[13] Η ομάδα ενισχύθηκε με περισσότερους παίκτες από την ομάδα των Α-τζούνιορ, καθώς και με το 19χρονο ταλέντο Ντομινίκ Μαρτίνοβιτς από την ομάδα των Α-τζούνιορ της Μπάγερν Μονάχου.[14] Η εφεδρική ομάδα ήταν η νεότερη στην Regionalliga πριν από τη σεζόν 2016-17. Ο μέσος όρος ηλικίας ήταν 19 έτη και 5 μήνες τον Ιούνιο του 2016[15].
Η RB Λειψίας διέλυσε την ομάδα U23 μετά τη σεζόν 2016-17, ενώ διατήρησε τις ομάδες U19 και U17