Τη σεζόν 2012-13, η Pasching επέστρεψε στην άλλη άκρη του πίνακα. Η ομάδα κατέκτησε το φθινοπωρινό πρωτάθλημα και πήγε σ...τη χειμερινή διακοπή με τέσσερις βαθμούς διαφορά από τη LASK Linz. Ωστόσο, αυτό το πλεονέκτημα χάθηκε την άνοιξη και η Pasching ολοκλήρωσε τη σεζόν δύο βαθμούς πίσω από τη Linz στη δεύτερη θέση.
Στο Κύπελλο Αυστρίας 2012-13, η Pasching πέτυχε τη μεγαλύτερη αίσθηση στην ιστορία της διοργάνωσης. Μετά τον αποκλεισμό των Αούστρια Σάλτσμπουργκ, Αούστρια Λουστενάου και Αούστρια Κλάγκενφουρτ στους τρεις πρώτους γύρους, η ελίτ του αυστριακού ποδοσφαίρου περίμενε την ομάδα του περιφερειακού πρωταθλήματος στους τρεις τελευταίους γύρους. Στα προημιτελικά, η Πάσκινγκ νίκησε 1-0 τη Ραπίντ Βιέννης εκτός έδρας. Στον ημιτελικό αντιμετώπισε τη συνεργαζόμενη Red Bull Salzburg εκτός έδρας και μετέτρεψε το εις βάρος της 0-1 σε νίκη με 2-1. Έγινε η πρώτη ομάδα από την τρίτη κατηγορία που έφτασε στον τελικό του Κυπέλλου ÖFB στην 94χρονη ιστορία του[1].[2] Αντίπαλος στον τελικό στο Ernst-Happel-Stadion της Βιέννης ήταν η Αούστρια Βιέννης. Ο Daniel Sobkova σκόραρε λίγο μετά το ημίχρονο δίνοντας προβάδισμα 1-0 στην Pasching, το οποίο υπερασπίστηκε για να κερδίσει τον τελικό. Έτσι, η FC Pasching νίκησε την πρωταθλήτρια, την δευτεραθλήτρια και την τρίτη ομάδα της Bundesliga της σεζόν 2012-13, χωρίς ποτέ να έχει το πλεονέκτημα έδρας για τον εαυτό της. Με την κατάκτηση του Κυπέλλου οι Άνω Αυστριακοί προκρίθηκαν στον γύρο των πλέι οφ του UEFA Europa League 2013-14, όπου αντιμετώπισαν την πορτογαλική Estoril Praia και ηττήθηκαν με δύο ήττες.