Η FC Ingolstadt 04 ιδρύθηκε το 2004, όταν η ESV Ingolstadt και η MTV Ingolstadt συγχωνεύτηκαν για να σχηματίσουν έναν σύ...λλογο. Στην παρθενική της σεζόν, η FC Ingolstadt έπαιξε στην Bayernliga (4η κατηγορία τότε) και έχασε την άνοδο για έναν βαθμό, τερματίζοντας 2η πίσω από την SpVgg Bayreuth.