Wie schon in der letzten Saison konnte Werder II am letzten Spieltag mit einem Sieg gegen den VFR Aalen den Abstieg noch... einmal knapp verhindern. Damit zog Werder II in der Tabelle am SC Paderborn vorbei und sicherte sich mit einem Punkt Vorsprung Platz 17.
Später im Sommer geriet jedoch 1860 München, der Absteiger aus der 2. Bundesliga, in finanzielle Schwierigkeiten und erhielt keinen Platz in der 3. Liga. Dies bedeutete, dass der SC Paderborn seinen Platz in der 3. Liga behalten durfte und nicht absteigen musste.