Das Auswärtstrikot wurde von der vorherigen Saison übernommen und in der 2006 League If Ireland Premier Division getrage...n, in der Shelbourne den Meistertitel gewann. Die Saison endete jedoch in einem Desaster, da der Verein in der folgenden Saison aufgrund finanzieller Schwierigkeiten in die First Division zurückgestuft und ihm die Lizenz für die Premier Division entzogen wurde. Der Verein nahm am Intertoto Cup 2006 teil und besiegte den litauischen Verein FK Vetra, bevor er gegen den dänischen Verein Odense verlor. Das Auswärtstrikot bestand aus marineblauen Shorts und himmelblauen Stutzen.