In der Saison 2012/13 war Pasching wieder am anderen Ende der Tabelle zu finden. Die Mannschaft gewann die Herbstmeister...schaft und ging mit vier Punkten Vorsprung auf LASK Linz in die Winterpause. Dieser Vorsprung wurde jedoch im Frühjahr eingebüßt und Pasching beendete die Saison mit zwei Punkten Rückstand auf Linz auf dem zweiten Platz.
Im österreichischen Cup 2012/13 gelang Pasching die größte Sensation in der Geschichte des Wettbewerbs. Nachdem Austria Salzburg, Austria Lustenau und Austria Klagenfurt in den ersten drei Runden ausgeschieden waren, wartete in den letzten drei Runden die Elite des österreichischen Fußballs auf den Regionalligisten. Im Viertelfinale schlug Pasching auswärts Rapid Wien mit 1:0. Im Halbfinale traf man auswärts auf den Kooperationspartner Red Bull Salzburg und drehte einen 0:1-Rückstand in einen 2:1-Sieg um und erreichte damit als erster Drittligist in der 94-jährigen Geschichte des ÖFB-Cups das Finale[1] im Wiener Ernst-Happel-Stadion. Daniel Sobkova brachte Pasching kurz nach der Halbzeit mit 1:0 in Führung, die man bis zum Schluss verteidigte. Damit besiegte der FC Pasching den Meister, den Vizemeister und den Dritten der Bundesligasaison 2012/13, ohne jemals den Heimvorteil für sich zu haben. Durch den Cupsieg qualifizierten sich die Oberösterreicher für die Play-off-Runde der UEFA Europa League 2013/14, wo sie auf den portugiesischen Verein Estoril Praia trafen und mit zwei Niederlagen ausschieden.