FC Magdeburg 22 Aralık 1965 tarihinde kurulmuştur.
FC Magdeburg, DDR-Oberliga'yı (Doğu Almanya en üst ligi) birçok kez kazanmak ve Avrupa müsabakalarına katılmak da dahil olmak üzere baş...arılı dönemler geçirmiştir.
FC Magdeburg'un iç saha forması geleneksel olarak takımın ana renkleri olan mavi ve beyazı içerir.