AFC Wimbledon 2002 yılında, taşınan ve Milton Keynes Dons (MK Dons) olarak yeniden markalaşan orijinal Wimbledon Futbol Kulübü'nün taraftarları tarafından kurulmuştur.
Kulüp, Wimbledon...FC'nin tartışmalı bir şekilde Milton Keynes'e taşınması ve Wimbledon bölgesinde futbol için bir boşluk bırakması üzerine kuruldu.
AFC Wimbledon, İngiliz futbolunun alt kademelerinde başladı ve lig sisteminde yükselmeye devam ediyor.
Kulüp, toplumu ve taraftar kitlesiyle güçlü bir bağa sahip ve liglerdeki yükselişi dikkat çekici.
AFC Wimbledon'ın iç saha forması geleneksel olarak takımın ana renkleri olan mavi ve sarıya sahiptir.