Первая резервная команда была сформирована из второй команды SSV Markranstädt. Ее дебютным сезоном стал сезон 2009-10 в ...Безиркслиге Лейпцига. Команда заняла первое место и получила повышение в Заксенлигу 2010-11. В рамках соглашения с SSV Markranstädt команда вернулась в SSV Markranstädt после сезона 2009-10 и играла в Заксенлиге 2010-11 в качестве новой первой команды.
Чтобы заменить резервную команду и избежать необходимости начинать с резервной команды из нижней части системы немецкой футбольной лиги, "РБ Лейпциг" заключил партнерство с командой ESV Delitzsch из города Делицш на северо-западе Саксонии. РБ Лейпциг" принял первую команду ESV Delitzsch в качестве своей новой резервной команды и приобрел право играть в Берзиркслиге Лейпцига.[1] Команда снова заняла первое место и получила повышение в Заксенлигу 2011-12, чтобы встретиться с первой командой SSV Markranstädt.
В связи с предстоящим банкротством ФК "Заксен Лейпциг", который распался в июне 2011 года, "РБ Лейпциг" рассматривал возможность приобретения его права на участие в Оберлиге для своей резервной команды, но позже отказался от своего предложения. Условием приобретения было то, что не менее 51 процента игроков команды должны были быть интегрированы в новый клуб, но "РБ Лейпциг" предпочел развивать собственную резервную команду.[2][3]
Тино Фогель был назначен главным тренером на сезон 2011-12. К команде присоединился старший защитник Инго Херцш, покинувший профессиональную команду. Резервная команда заняла четвертое место в Заксенлиге. Лигу выиграл "ССВ Маркранштедт", который вернул себе право выступать в Оберлиге.[4] Сезон 2012-13 Заксенлиги команда завершила на третьем месте. В 2013-14 годах команда заняла первое место в Заксенлиге и получила повышение в NOFV-Oberliga Süd. Нападающий Том Наттерманн забил 32 гола за сезон и с большим отрывом завершил сезон 2013-14 Заксенлиги лучшим бомбардиром лиги[5][6].
В сезоне 2014-15 в соперники команде достались такие клубы, как SSV Markranstädt и 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] но резервная команда успешно адаптировалась к Оберлиге и стала доминировать. Команда закончила 2014-15 гг. в NOFV-Oberliga Süd на первом месте и получила повышение в Regionalliga Nordost. Наттерманн забил 26 голов, опередив только Яна Незмара из ФК "Оберлаузитц Нойгерсдорф"[8].
Перед сезоном 2015-16 почти половина игроков предыдущего сезона покинула команду, включая Наттерманна, который ушел в ФК "Эрцгебирге Ауэ".[8] Новые игроки почти все пришли из собственных рядов клуба, включая шесть игроков из юношеской команды А.[9][10] Резервная команда закончила свой первый сезон в Регионаллиге на 11-м месте.
На сезон 2016-17 главным тренером команды был назначен Роберт Клаус, сменивший на этом посту Фогеля.[11][12] Фогель продолжил карьеру в клубе в качестве скаута в центральной Германии, а его бывший помощник Олаф Холецчек - в качестве скаута в юношеском футболе.[13] Команда была усилена игроками из юношеской команды А, а также 19-летним талантом Домиником Мартиновичем из юношеской команды "Бавария".[14] Перед сезоном 2016-17 резервная команда была самой молодой в Регионаллиге. В июне 2016 года средний возраст составлял 19 лет и 5 месяцев[15].
После сезона 2016-17 "РБ Лейпциг" расформировал команду U23, сохранив при этом составы U19 и U17.