A primeira equipa de reserva foi formada a partir da segunda equipa do SSV Markranstädt. A sua época inaugural foi em 20...09-10 na Bezirksliga Leipzig. A equipa terminou em primeiro lugar e ganhou a promoção para a Sachsenliga 2010-11. Como parte do acordo com o SSV Markranstädt, a equipa regressou ao SSV Markranstädt após a época 2009-10 e jogou a Sachsenliga 2010-11 como a sua nova equipa principal.
Para substituir a equipa de reserva e evitar ter de começar com a sua equipa de reserva do fundo do sistema da liga alemã de futebol, o RB Leipzig fez uma parceria com o ESV Delitzsch de Delitzsch, no noroeste da Saxónia. O RB Leipzig adoptou a primeira equipa do ESV Delitzsch como a sua nova equipa de reserva e adquiriu o seu direito de jogar na Berzirksliga Leipzig[1]. A equipa voltou a terminar em primeiro lugar e ganhou a promoção para a Sachsenliga 2011-12, para enfrentar a primeira equipa do SSV Markranstädt.
Com a falência iminente do FC Sachsen Leipzig, que se desfez em junho de 2011, o RB Leipzig considerou a possibilidade de comprar o seu direito de jogar na Oberliga para a sua equipa de reserva, mas mais tarde retirou a oferta. A condição para a aquisição era que pelo menos 51% dos jogadores da equipa tivessem de ser integrados no novo clube, mas o RB Leipzig optou por desenvolver a sua própria equipa de reserva[2][3].
Tino Vogel foi nomeado treinador principal para a época 2011-12. À equipa juntou-se o defesa Ingo Hertzsch, que tinha deixado a equipa profissional. A equipa de reserva ficou em quarto lugar na Sachsenliga. O campeonato foi ganho pelo SSV Markranstädt, que recuperou o direito de jogar na Oberliga.[4] A equipa terminou a época 2012-13 da Sachsenliga em terceiro lugar. A equipa ficou em primeiro lugar em 2013-14 Sachsenliga, e ganhou a promoção para NOFV-Oberliga Süd. O avançado Tom Nattermann marcou 32 golos durante a época, terminando a Sachsenliga 2013-14 como o melhor marcador da liga por uma larga margem[5][6].
A época de 2014-15 incluiu adversários como o SSV Markranstädt e o 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] mas a equipa de reserva adaptou-se com sucesso à Oberliga e passou a dominar. A equipa terminou a NOFV-Oberliga Süd 2014-15 em primeiro lugar e foi promovida à Regionalliga Nordost. Nattermann marcou 26 golos, apenas superado por Jan Nezmar do FC Oberlausitz Neugersdorf[8].
Antes da época 2015-16, quase metade dos jogadores da época anterior deixaram a equipa, incluindo Nattermann, que partiu para o FC Erzgebirge Aue.[8] Os novos jogadores vieram quase todos das fileiras do clube, incluindo seis jogadores da equipa A-junior.[9][10] A equipa de reserva terminou a sua primeira época na Regionalliga em 11º lugar.
O atual treinador do B-junior, Robert Klauß, foi nomeado treinador principal para a temporada 2016-17, substituindo Vogel.[11][12] Vogel continuou sua carreira no clube como olheiro na Alemanha central, enquanto seu ex-técnico assistente Olaf Holetschek continuou como olheiro no futebol júnior.[13] A equipe foi reforçada por mais jogadores da equipe A-junior, bem como pelo talento de 19 anos Dominik Martinović do Bayern de Munique A-junior team.[14] A equipe reserva era a mais jovem da Regionalliga antes da temporada 2016-17. A idade média era de 19 anos e 5 meses em junho de 2016.[15]
O RB Leipzig dissolveu a equipa sub-23 após a época 2016-17, mantendo as equipas sub-19 e sub-17
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