Na época 2012-13, o Pasching voltou a estar no outro extremo da tabela. A equipa venceu o campeonato de outono e chegou ...à pausa de inverno com quatro pontos de vantagem sobre o LASK Linz. No entanto, esta vantagem perdeu-se na primavera e o Pasching terminou a época a dois pontos do Linz, em segundo lugar.
Na Taça da Áustria de 2012-13, o Pasching conseguiu a maior sensação da história da competição. Depois de o Austria Salzburg, o Austria Lustenau e o Austria Klagenfurt terem sido eliminados nas três primeiras rondas, a elite do futebol austríaco esperou pela equipa da liga regional nas três últimas rondas. Nos quartos de final, o Pasching derrotou o Rapid Wien por 1-0, fora de casa. Nas meias-finais, enfrentou o parceiro de cooperação Red Bull Salzburg fora de casa e transformou uma desvantagem de 0-1 numa vitória por 2-1, tornando-se a primeira equipa da terceira divisão a chegar à final da Taça ÖFB nos seus 94 anos de história[1]. O adversário na final, no Ernst-Happel-Stadion, em Viena, foi o Austria Wien. Daniel Sobkova marcou pouco depois do intervalo, dando ao Pasching uma vantagem de 1-0, que defendeu para vencer a final. Assim, o FC Pasching derrotou o campeão, o vice-campeão e a terceira equipa da época 2012-13 da Bundesliga, sem nunca ter tido a vantagem de jogar em casa. A vitória na Taça permitiu que os austríacos se qualificassem para a fase de play-off da Liga Europa de 2013-14, onde defrontaram o clube português Estoril Praia e perderam com duas derrotas.