O AFC Wimbledon foi fundado em 2002 por adeptos do Wimbledon Football Club original, que tinha sido transferido e mudado de nome para Milton Keynes Dons (MK Dons).
O clube foi formado em resposta �...� controversa mudança do Wimbledon FC para Milton Keynes, que deixou um vazio no futebol na zona de Wimbledon.
O AFC Wimbledon começou por jogar nos escalões inferiores do futebol inglês e tem vindo a subir de divisão.
O clube tem uma forte ligação à sua comunidade e à sua base de adeptos, e a sua ascensão nas ligas tem sido notável.
A camisola do AFC Wimbledon apresenta tradicionalmente as cores primárias da equipa, que são o azul e o amarelo.