W sezonie 2012-13 Pasching powrócił na drugi koniec tabeli. Drużyna wygrała jesienne mistrzostwa i w przerwie zimowej mi...ała cztery punkty przewagi nad LASK Linz. Przewaga ta została jednak utracona na wiosnę i Pasching zakończył sezon dwa punkty za Linzem na drugim miejscu.
W rozgrywkach Pucharu Austrii 2012-13 Pasching sprawił największą sensację w historii tych rozgrywek. Po tym jak Austria Salzburg, Austria Lustenau i Austria Klagenfurt zostały wyeliminowane w pierwszych trzech rundach, elita austriackiego futbolu czekała na drużynę ligi regionalnej w ostatnich trzech rundach. W ćwierćfinale Pasching pokonał u siebie Rapid Wien 1:0. W półfinale zmierzyli się z partnerem kooperacyjnym Red Bull Salzburg na wyjeździe i zamienili deficyt 0-1 w zwycięstwo 2-1, stając się pierwszą drużyną z trzeciej ligi, która dotarła do finału Pucharu ÖFB w 94-letniej historii.[1] Przeciwnikiem w finale na Ernst-Happel-Stadion w Wiedniu była Austria Wiedeń. Daniel Sobkova strzelił gola tuż po przerwie, dając Paschingowi prowadzenie 1-0, które obronili, wygrywając finał. Tym samym FC Pasching pokonał mistrza, wicemistrza i trzecią drużynę Bundesligi sezonu 2012-13, nie mając nigdy przewagi własnego boiska. Zwycięstwo w pucharze pozwoliło Górnym Austriakom zakwalifikować się do rundy play-off UEFA Europa League 2013-14, gdzie spotkali się z portugalskim klubem Estoril Praia i przegrali z dwoma porażkami.