FC Ingolstadt 04 został założony w 2004 roku, kiedy ESV Ingolstadt i MTV Ingolstadt połączyły się, tworząc jeden klub. W... swoim inauguracyjnym sezonie FC Ingolstadt grało w Bayernliga (wówczas 4. liga) i przegrało awans o jeden punkt, zajmując 2. miejsce za SpVgg Bayreuth.