AFC Wimbledon werd in 2002 opgericht door fans van de oorspronkelijke Wimbledon Football Club, die was verhuisd en omgedoopt tot Milton Keynes Dons (MK Dons).
De club werd opgericht als reactie op...de controversiƫle verhuizing van Wimbledon FC naar Milton Keynes, waardoor er een leegte ontstond voor voetbal in de omgeving van Wimbledon.
AFC Wimbledon begon in de lagere regionen van het Engelse voetbal en heeft zich omhoog gewerkt in het competitiesysteem.
De club heeft een sterke band met de gemeenschap en de fanbase en de opmars in de competities is opmerkelijk.
Het thuisshirt van AFC Wimbledon heeft traditioneel de primaire kleuren van het team, blauw en geel.