La prima squadra riserve è stata formata dalla seconda squadra dell'SSV Markranstädt. La stagione inaugurale è stata la ...2009-10 nella Bezirksliga Leipzig. La squadra si è classificata al primo posto e ha conquistato la promozione nella Sachsenliga 2010-11. Come parte dell'accordo con l'SSV Markranstädt, la squadra è tornata all'SSV Markranstädt dopo la stagione 2009-10 e ha giocato la Sachsenliga 2010-11 come nuova prima squadra.
Per sostituire la squadra di riserva e per evitare di dover iniziare con la squadra di riserva dal fondo del sistema del campionato di calcio tedesco, l'RB Leipzig ha stretto una partnership con l'ESV Delitzsch di Delitzsch, nella Sassonia nordoccidentale. L'RB Leipzig adottò la prima squadra dell'ESV Delitzsch come nuova squadra di riserva e ne acquistò il diritto di giocare nella Berzirksliga Leipzig.[1] La squadra si classificò nuovamente al primo posto e ottenne la promozione nella Sachsenliga 2011-12, per affrontare la prima squadra dell'SSV Markranstädt.
Con l'imminente fallimento dell'FC Sachsen Leipzig, che ha chiuso i battenti nel giugno 2011, l'RB Leipzig ha preso in considerazione l'acquisto del diritto di giocare in Oberliga per la sua squadra riserve, ma ha poi ritirato l'offerta. Una condizione per l'acquisizione era che almeno il 51% dei giocatori della squadra dovesse essere integrato nel nuovo club, ma l'RB Leipzig ha invece scelto di sviluppare la propria squadra riserve.[2][3]
Tino Vogel è stato nominato allenatore per la stagione 2011-2012. Alla squadra si è aggiunto il difensore senior Ingo Hertzsch, che aveva lasciato la squadra professionistica. La squadra riserve si è classificata quarta nella Sachsenliga. Il campionato è stato vinto dall'SSV Markranstädt, che ha riconquistato il diritto di giocare in Oberliga.[4] La squadra ha concluso la stagione 2012-13 della Sachsenliga al terzo posto. Nella Sachsenliga 2013-14 la squadra è arrivata prima e ha ottenuto la promozione in NOFV-Oberliga Süd. L'attaccante Tom Nattermann ha segnato 32 gol durante la stagione, concludendo la Sachsenliga 2013-2014 come capocannoniere del campionato con un ampio margine.[5][6]
La stagione 2014-15 comprendeva avversari come l'SSV Markranstädt e l'1. FC Lokomotive Leipzig,[7] ma la squadra di riserva si è adattata con successo all'Oberliga ed è arrivata a dominare. La squadra ha concluso la NOFV-Oberliga Süd 2014-15 al primo posto e ha conquistato la promozione nella Regionalliga Nordost. Nattermann ha segnato 26 gol, battuto solo da Jan Nezmar dell'FC Oberlausitz Neugersdorf.[8]
Prima della stagione 2015-16, quasi la metà dei giocatori della stagione precedente ha lasciato la squadra, compreso Nattermann, passato all'FC Erzgebirge Aue.[8] I nuovi giocatori provenivano quasi tutti dalle file del club, compresi sei giocatori della squadra juniores A.[9][10] La squadra riserve ha concluso la sua prima stagione in Regionalliga all'11° posto.
L'allenatore in carica delle giovanili B Robert Klauß è stato nominato capo allenatore per la stagione 2016-17, in sostituzione di Vogel.[11][12] Vogel ha continuato la sua carriera nel club come scout nella Germania centrale, mentre il suo ex assistente allenatore Olaf Holetschek ha continuato a fare lo scout nel calcio giovanile.[13] La squadra è stata rinforzata con altri giocatori delle giovanili A e con il talento diciannovenne Dominik Martinović, proveniente dalle giovanili A del Bayern Monaco.[14] La squadra riserve era la più giovane della Regionalliga prima della stagione 2016-17. L'età media era di 19 anni. L'età media era di 19 anni e 5 mesi nel giugno 2016.[15]
L'RB Leipzig ha sciolto la squadra U23 dopo la stagione 2016-17, mentre ha mantenuto le squadre U19 e U17.
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