Terza divisa indossata nella stagione 2006 della First Division, una stagione in cui, nonostante la vittoria nei play of...f per la promozione, al Dundalk fu negata la promozione in modo controverso, in quanto dopo la vittoria nei play off fu giudicato che non aveva soddisfatto i criteri dell'Independent Assessment Group e non sarebbe stato promosso in Premier Division, mentre il Galway United, terzo classificato, sarebbe stato promosso. La decisione si rivelò controversa e il 13 dicembre Mark Kavanagh, un tifoso del Dundalk che protestava contro la decisione, entrò nella sede della FAI a Merrion Square e avrebbe minacciato di darsi fuoco dopo essersi cosparso di benzina la testa e i mobili degli uffici e della reception, ma rinunciò alla protesta dopo aver ottenuto un incontro con il manager del Dundalk John Gill. Alla fine il Dundalk accettò la decisione della FAI e rimase in First Division.