L'AFC Wimbledon è stata fondata nel 2002 dai tifosi del Wimbledon Football Club originale, che era stato trasferito e ribattezzato Milton Keynes Dons (MK Dons).
Il club è stato fondato in rispost...a al controverso trasferimento del Wimbledon FC a Milton Keynes, che ha lasciato un vuoto calcistico nell'area di Wimbledon.
L'AFC Wimbledon ha iniziato nelle serie inferiori del calcio inglese e si è fatto strada nel sistema dei campionati.
Il club ha un forte legame con la comunità e la tifoseria e la sua ascesa in campionato è stata notevole.
La maglia dell'AFC Wimbledon è tradizionalmente caratterizzata dai colori primari della squadra, il blu e il giallo.