Competitievoetbal werd tijdens de Tweede Wereldoorlog opgeschort in Groot-Brittannië. Brentford nam deel aan de Football... League South en andere regionale competities. De club nam deel aan de London War Cup in 1940-41 en 1941-42, bereikte beide keren de finale en won het laatste toernooi. Len Townsend was topscorer tijdens de oorlogsjaren met 49 doelpunten.