Tim cadangan pertama dibentuk dari tim kedua SSV Markranstädt. Musim perdananya adalah 2009-10 di Bezirksliga Leipzig. T...im finis di peringkat pertama dan meraih promosi ke Sachsenliga 2010-11. Sebagai bagian dari kesepakatan dengan SSV Markranstädt, tim kembali ke SSV Markranstädt setelah musim 2009-10, dan bermain di Sachsenliga 2010-11 sebagai tim utama mereka yang baru.
Untuk mengganti tim cadangan dan untuk menghindari keharusan memulai dengan tim cadangan dari dasar sistem liga sepak bola Jerman, RB Leipzig bermitra dengan ESV Delitzsch dari Delitzsch di barat laut Sachsen. RB Leipzig menggunakan tim utama ESV Delitzsch sebagai tim cadangan barunya dan membeli hak bermain untuk Berzirksliga Leipzig.[1] Tim ini kembali menempati peringkat pertama dan memenangkan promosi ke Sachsenliga 2011-12, untuk menghadapi tim utama SSV Markranstädt.
Dengan kebangkrutan yang akan datang dari FC Sachsen Leipzig, yang dilipat pada bulan Juni 2011, RB Leipzig mempertimbangkan untuk membeli hak bermain di Oberliga untuk tim cadangannya, tetapi kemudian menarik tawaran mereka. Syarat untuk akuisisi tersebut adalah setidaknya 51 persen dari pemain dalam tim harus diintegrasikan ke dalam klub baru, tetapi RB Leipzig malah memilih untuk mengembangkan tim cadangannya sendiri.[2][3]
Tino Vogel ditunjuk sebagai pelatih kepala untuk musim 2011-12. Tim ini bergabung dengan bek senior Ingo Hertzsch, yang telah meninggalkan tim profesional. Tim cadangan berada di urutan keempat di Sachsenliga. Liga dimenangkan oleh SSV Markranstädt, yang mendapatkan kembali hak bermain di Oberliga.[4] Tim menyelesaikan musim 2012-13 Sachsenliga di tempat ketiga. Tim ini menempati posisi pertama di Sachsenliga 2013-14, dan memenangkan promosi ke NOFV-Oberliga Süd. Penyerang Tom Nattermann mencetak 32 gol selama musim tersebut, menyelesaikan Sachsenliga 2013-14 sebagai pencetak gol terbanyak di liga dengan selisih yang cukup jauh.[5][6]
Musim 2014-15 termasuk lawan-lawan seperti SSV Markranstädt dan 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] tetapi tim cadangan berhasil beradaptasi dengan Oberliga dan mendominasi. Tim menyelesaikan NOFV-Oberliga Süd 2014-15 di posisi pertama, dan memenangkan promosi ke Regionalliga Nordost. Nattermann mencetak 26 gol, hanya dikalahkan oleh Jan Nezmar dari FC Oberlausitz Neugersdorf[8].
Sebelum musim 2015-16, hampir setengah dari pemain dari musim sebelumnya meninggalkan tim, termasuk Nattermann, yang hengkang ke FC Erzgebirge Aue.[8] Para pemain baru hampir semuanya berasal dari barisan klub sendiri, termasuk enam pemain dari tim junior A.[9][10] Tim cadangan mengakhiri musim pertamanya di Regionalliga di peringkat ke-11.[11].
Pelatih B-junior yang sedang menjabat, Robert Klauß, ditunjuk sebagai pelatih kepala untuk musim 2016-17, menggantikan Vogel.[11][12] Vogel melanjutkan kariernya di klub sebagai pemandu bakat di Jerman tengah, sementara mantan asisten pelatihnya, Olaf Holetschek, tetap menjadi pemandu bakat di sepak bola junior.[13] Tim ini diperkuat lebih banyak pemain dari tim A-junior, serta pemain berbakat berusia 19 tahun, Dominik Martinović, dari tim A-junior Bayern Munchen.[14] Tim cadangan merupakan yang termuda di Regionalliga sebelum musim 2016-17.[15] Tim cadangan merupakan tim termuda di Regionalliga sebelum musim 2016-17.[16] Usia rata-rata mencapai 19 tahun dan 5 bulan pada Juni 2016.[15].
RB Leipzig membubarkan tim U23 setelah musim 2016-17, sementara mempertahankan tim U19 dan U17