Comme lors de la saison précédente, le Werder II a évité de justesse la relégation lors de la dernière journée en s'impo...sant une nouvelle fois contre le VFR Aalen. Le Werder II a ainsi dépassé le SC Paderborn au classement, le devançant d'un point et s'assurant la 17e place.
Plus tard dans l'été, 1860 München, relégué de la 2. Bundesliga, a connu des difficultés financières et n'a pas été retenu pour l'édition 2017/18 de la 3. Liga. Le SC Paderborn conserve donc sa place en Liga 3 et n'est pas relégué.