El primer equipo reserva se formó a partir del segundo equipo del SSV Markranstädt. Su temporada inaugural fue la 2009-1...0 en la Bezirksliga Leipzig. El equipo terminó en primera posición y consiguió el ascenso a la Sachsenliga 2010-11. Como parte del acuerdo con el SSV Markranstädt, el equipo volvió al SSV Markranstädt después de la temporada 2009-10, y jugó la Sachsenliga 2010-11 como su nuevo primer equipo.
Para sustituir al equipo reserva y evitar tener que empezar con su equipo reserva desde el fondo del sistema de la liga alemana de fútbol, el RB Leipzig se asoció con el ESV Delitzsch de Delitzsch, en el noroeste de Sajonia. El RB Leipzig adoptó al primer equipo del ESV Delitzsch como su nuevo equipo reserva y compró su derecho a jugar en la Berzirksliga Leipzig.[1] El equipo volvió a terminar en primera posición y consiguió el ascenso a la Sachsenliga 2011-12, para enfrentarse al primer equipo del SSV Markranstädt.
Ante la inminente quiebra del FC Sachsen Leipzig, que se retiró en junio de 2011, el RB Leipzig consideró la posibilidad de comprar su derecho a jugar en la Oberliga para su equipo reserva, pero más tarde retiró su oferta. Una condición para la adquisición era que al menos el 51% de los jugadores del equipo debían integrarse en el nuevo club, pero el RB Leipzig optó en su lugar por desarrollar su propio equipo reserva[2][3].
Tino Vogel fue nombrado entrenador principal para la temporada 2011-12. Al equipo se unió el defensa sénior Ingo Hertzsch, que había dejado el equipo profesional. El equipo reserva quedó cuarto en la Sachsenliga. La liga fue ganada por el SSV Markranstädt, que recuperó un derecho de juego para la Oberliga[4]. El equipo terminó la temporada 2012-13 de la Sachsenliga en tercer lugar. El equipo quedó primero en la Sachsenliga 2013-14 y consiguió el ascenso a la NOFV-Oberliga Süd. El delantero Tom Nattermann marcó 32 goles durante la temporada, terminando la Sachsenliga 2013-14 como máximo goleador de la liga con un amplio margen[5][6].
La temporada 2014-15 contó con rivales como el SSV Markranstädt y el 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] pero el equipo reserva se adaptó con éxito a la Oberliga y llegó a dominarla. El equipo terminó la NOFV-Oberliga Süd 2014-15 en primer lugar, y ganó el ascenso a la Regionalliga Nordost. Nattermann marcó 26 goles, solo superado por Jan Nezmar, del FC Oberlausitz Neugersdorf[8].
Antes de la temporada 2015-16, casi la mitad de los jugadores de la temporada anterior abandonaron el equipo, incluido Nattermann, que se marchó al FC Erzgebirge Aue.[8] Los nuevos jugadores procedían casi todos de las propias filas del club, incluidos seis jugadores del equipo juvenil A.[9][10] El equipo reserva terminó su primera temporada en la Regionalliga en 11ª posición.
El actual entrenador del equipo juvenil B, Robert Klauß, fue nombrado entrenador principal para la temporada 2016-17, en sustitución de Vogel.[11][12] Vogel continuó su carrera en el club como ojeador en el centro de Alemania, mientras que su antiguo ayudante Olaf Holetschek continuó como ojeador en el fútbol juvenil.[13] El equipo se reforzó con más jugadores del equipo juvenil A, así como con el talento de 19 años Dominik Martinović, del equipo juvenil A del Bayern de Múnich.[14] El equipo reserva era el más joven de la Regionalliga antes de la temporada 2016-17. La media de edad era de 19 años y 5 meses en junio de 2016[15].
El RB Leipzig disolvió el equipo sub23 tras la temporada 2016-17, mientras que mantuvo las plantillas sub19 y sub17
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