FC Magdeburg didirikan pada tanggal 22 Desember 1965.
FC Magdeburg telah mengalami masa-masa kesuksesan, termasuk memenangkan DDR-Oberliga (divisi utama Jerman Timur) beberapa kali dan berpartisipa...si dalam kompetisi Eropa.
Seragam kandang FC Magdeburg secara tradisional menampilkan warna utama tim, yaitu biru dan putih.