Sepak bola kompetitif dihentikan di Inggris selama Perang Dunia Kedua. Brentford berkompetisi di Football League South d...an liga regional lainnya. Klub ini berkompetisi di London War Cup pada 1940-41 dan 1941-42, mencapai final pada kedua kesempatan tersebut dan memenangkan turnamen yang terakhir. Len Townsend menjadi pencetak gol terbanyak selama tahun-tahun perang, dengan 49 gol.