AFC Wimbledon didirikan pada tahun 2002 oleh para penggemar Wimbledon Football Club, yang telah direlokasi dan berganti nama menjadi Milton Keynes Dons (MK Dons).
Klub ini dibentuk sebagai tanggapa...n atas kepindahan kontroversial Wimbledon FC ke Milton Keynes, yang menyebabkan kekosongan untuk sepak bola di wilayah Wimbledon.
AFC Wimbledon dimulai dari level yang lebih rendah di sepak bola Inggris dan telah bekerja keras untuk naik ke sistem liga.
Klub ini memiliki hubungan yang kuat dengan komunitas dan basis penggemarnya, dan kebangkitannya di liga sangat luar biasa.
Seragam kandang AFC Wimbledon secara tradisional menampilkan warna utama tim, yaitu biru dan kuning.