La première équipe réserve a été formée à partir de la deuxième équipe du SSV Markranstädt. Elle a débuté en 2009-10 dan...s la Bezirksliga Leipzig. L'équipe a terminé à la première place et a été promue en Sachsenliga 2010-11. Dans le cadre de l'accord conclu avec le SSV Markranstädt, l'équipe est retournée au SSV Markranstädt après la saison 2009-10 et a disputé la Sachsenliga 2010-11 en tant que nouvelle équipe première.
Afin de remplacer l'équipe réserve et d'éviter de devoir commencer avec une équipe réserve de bas de tableau, le RB Leipzig s'est associé à l'ESV Delitzsch de Delitzsch, dans le nord-ouest de la Saxe. Le RB Leipzig a adopté l'équipe première de l'ESV Delitzsch comme nouvelle équipe réserve et a acheté son droit de jeu pour la Berzirksliga Leipzig[1]. L'équipe a de nouveau terminé à la première place et a été promue dans la Sachsenliga 2011-12, pour affronter l'équipe première du SSV Markranstädt.
Avec la faillite imminente du FC Sachsen Leipzig, qui a fermé ses portes en juin 2011, le RB Leipzig a envisagé d'acheter son droit de jouer en Oberliga pour son équipe réserve, mais a ensuite retiré son offre. L'une des conditions de l'acquisition était qu'au moins 51 % des joueurs de l'équipe soient intégrés dans le nouveau club, mais le RB Leipzig a préféré développer sa propre équipe de réserve[2][3].
Tino Vogel a été nommé entraîneur principal pour la saison 2011-12. L'équipe a été rejointe par le défenseur senior Ingo Hertzsch, qui avait quitté l'équipe professionnelle. L'équipe réserve a terminé quatrième de la Sachsenliga. Le championnat a été remporté par le SSV Markranstädt, qui a récupéré un droit de jeu pour la Oberliga[4] L'équipe a terminé la saison 2012-13 de la Sachsenliga à la troisième place. L'équipe a terminé première de la Sachsenliga 2013-14 et a été promue en NOFV-Oberliga Süd. L'attaquant Tom Nattermann a marqué 32 buts au cours de la saison, terminant largement meilleur buteur de la Sachsenliga 2013-14[5][6].
La saison 2014-15 a compté des adversaires tels que le SSV Markranstädt et le 1. FC Lokomotive Leipzig,[7] mais l'équipe réserve s'est adaptée avec succès à la Oberliga et en est venue à dominer. L'équipe a terminé la NOFV-Oberliga Süd 2014-15 à la première place, et a remporté la promotion à la Regionalliga Nordost. Nattermann a marqué 26 buts, battu seulement par Jan Nezmar du FC Oberlausitz Neugersdorf[8].
Avant la saison 2015-16, près de la moitié des joueurs de la saison précédente ont quitté l'équipe, y compris Nattermann, qui est parti au FC Erzgebirge Aue[8]. Les nouveaux joueurs sont presque tous issus des rangs du club, y compris six joueurs de l'équipe junior A[9][10]. L'équipe réserve a terminé sa première saison en Regionalliga à la 11e place.
L'entraîneur titulaire de l'équipe B-junior, Robert Klauß, a été nommé entraîneur principal pour la saison 2016-17, en remplacement de Vogel[11][12]. Vogel a poursuivi sa carrière au club en tant que recruteur en Allemagne centrale, tandis que son ancien entraîneur adjoint, Olaf Holetschek, a continué en tant que recruteur dans le football junior[13]. L'équipe a été renforcée par d'autres joueurs de l'équipe A-junior, ainsi que par le talent de 19 ans Dominik Martinović de l'équipe A-junior du Bayern Munich[14]. L'équipe réserve était la plus jeune de la Regionalliga avant la saison 2016-17. La moyenne d'âge s'élevait à 19 ans et 5 mois en juin 2016[15].
Le RB Leipzig a dissous l'équipe U23 après la saison 2016-17, tout en conservant les équipes U19 et U17
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