Le FC Magdeburg a été fondé le 22 décembre 1965.
Le FC Magdeburg a connu des périodes de succès, notamment en remportant plusieurs fois la DDR-Oberliga (première division est-allemande) et e...n participant à des compétitions européennes.
Le maillot du FC Magdeburg arbore traditionnellement les couleurs principales de l'équipe, à savoir le bleu et le blanc.