Le football de compétition a été suspendu en Grande-Bretagne pendant la durée de la Seconde Guerre mondiale. Brentford a... participé à la Football League South et à d'autres ligues régionales. Le club a participé à la London War Cup en 1940-41 et 1941-42, atteignant la finale à chaque fois et remportant le dernier tournoi. Len Townsend a été le meilleur buteur pendant les années de guerre, avec 49 buts.