L'Atlético San Luis a été fondé en 2013 à la suite de la délocalisation d'un autre club mexicain, le San Luis FC.
Le club évolue en Liga MX, la première division de football au Mexique....L'Atlético San Luis a une histoire relativement courte dans le football mexicain, mais il s'est rapidement établi dans les ligues professionnelles.
L'équipe est affiliée au club espagnol Atlético Madrid, ce qui a permis à certains joueurs, entraîneurs et dirigeants d'être influencés par le club espagnol.
Le maillot de l'Atlético San Luis arbore traditionnellement les couleurs primaires de l'équipe, à savoir le rouge et le blanc.